Una delle maggiori pecche nella diffusione di BOINC in Italia è riscontrabile nella scarsità di informazioni reperibili su Wikipedia. Spesso, chi vuole sapere qualcosa di più su un argomento si rivolge a questa immensa enciclopedia online, ma nell'ambito del calcolo distribuito si trovano solo pagine incomplete o abbozzate.
BOINC.Italy, dopo aver aggiornato le traduzioni del sito ufficiale di BOINC, del sito di SETI@home e del BOINC Manager, lancia l'iniziativa BOINC the WIKI, uno sforzo per espandere le informazioni presenti su Wikipedia riguardanti il calcolo distribuito in generale e i progetti su piattaforma BOINC in particolare.
Tutti possono contribuire a questa iniziativa, traducendo o correggendo i testi, meglio se coordinandosi con i responsabili sul forum del team.
Iniziative
5-9-2010, 7:32
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In evidenza


Aggiunta la storia dei core di Folding@home e le FAQ sul core GPU3 (in continuo aggiornamento).

.. Lo spazio ..

pulsar, onde gravitazionali, SETI, Via Lattea, galassie, supernove... lo spazio attrae da sempre l'uomo, alla ricerca delle sue origini

.. Proteine ..

sono le nanomacchine della biologia, i cavalli da traino presenti in ogni cellula di ogni essere vivente, studiarle significa comprendere le malattie

.. Il clima ..

il pianeta va verso il surriscaldamento? E a che ritmo? Siamo ancora in tempo? Migliaia di simulazioni per cercare una risposta

.. Numeri ..

per alcuni versi affascinanti, per altri utili. Numeri primi, congetture antiche da dimostrare, teorie e giochi moderni

.. La chimica ..

celle solari fatte di materiali organici, celle a idrogeno, nanomacchine, reattività e magnetismo molecolare. La ricerca è illimitata

Come funziona Foldit

A prima vista l'interfaccia standard di Fold.it sembra troppo complicata. Ma a questa visualizzazione si arriva dopo un percorso di apprendimento per gradi senza il quale nessun "giocatore" sarebbe in grado di produrre qualsivoglia risultato utile... e tantomeno riuscirebbe a divertirsi ad esercitare il cui ingegno per la scienza!

 

 

Vediamo quali sono i principi base che si deve di rispettare cercando di ripiegare una proteina. Il punteggio raggiunto per ogni proteina dipende molto da quanto bene si siano seguite tre importanti regole.

 

1. Comprimere, impacchettare, la proteina

Più piccola è la forma della proteina, meglio è. Più precisamente sono da evitare gli spazi vuoti all'interno della struttura della proteina dove potrebbero infilarsi molecole d'acqua. Gli atomi dovrebbero essere più vicini possibile. Alcune strutture a forma di foglio addirittura si uniscono sfruttando i legami a idrogeno se vengono ben allineate e posizionate abbastanza vicine. Questa è una buona cosa. Parola d'ordine: Compatto.


2. Nascondere le parti idrofobiche

Le parti idrofobiche sono catene laterali che non amano l'acqua, solo composti oleosi. Dal momento che la maggior parte delle proteine vive in composti acquosi bisogna cercare di ottenere una struttura in cui le parti idrofobiche (le catene laterali di colore arancione) siano circondate dal maggior numero di atomi possibile, che possano cioè impedire il contatto con l'acqua. Al contrario le parti idrofile (catene laterali di colore blu) "amano" l'acqua e quindi vanno esposte verso l'esterno della struttura il più possibile. Parola d'ordine: Sepolto.


3. Eliminare le intersezioni

Due atomi non possono occupare lo stesso spazio contemporaneamente. Se si è ripiegata una proteina in modo che le catene laterali siano troppo vicine allora il punteggio è sicuramente calato perché è una situazione che in natura non si verificheà mai. Questo è rappresentato sullo schermo da una pallina rossa appuntita posta proprio dove due catene laterali si intersecano. Se ci sono intersezioni certamente qualcosa è andato storto con la proteina, assicurarsi che ogni cosa sia "abbastanza" lontana dalle altre. Parola d'ordine: Separato.

 

Queste sono le tre regole fondamentali. Qualcuno aggiunge che la proteina deve avere una sua grazia estetica e questo forse è l'approccio più umano che si possa avere, che i computer difficilmente avranno.

I casi da studiare sono molti così come le varianti che si presentano e le tecniche per affrontarle. La più vasta documentazione su questo argomento può essere reperita sulla Foldit Wiki (in inglese) e da poco anche sulla Foldit Wiki in italiano.