Diario del Dr. David Baker
 Il responsabile di Rosetta@home e Foldit, il Dr. David Baker, tiene un suo diario costantemente aggiornato con le novità che riguardano il progetto BOINC; il " D.Baker Rosetta@home journal". Questa ne è la traduzione in italiano, disponibile anche come feed RSS.
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 L'ultimo numero in edicola della rivista Science contiene anche un nostro articolo sull'uso di Rosetta per la progettazione di un enzima catalizzatore di legami C-C; all'articolo è stata anche dedicata una introduzione. Questo articolo ha attirato su di se molta attenzione da parte della stampa e di questo dobbiamo ringraziare tutti voi per il contributo ma anche la nostra abilità di fare passi avanti nella progettazione di enzimi e di altre proteine che, si spera, potranno essere utilizzati dalla società tutta in tempi ragionevoli. |
Un manoscritto che descrive i risultati di FoldIt, al quale molti di voi hanno contribuito, è stato accettato dalla rivista Nature e verrà pubblicato. L'idea di sviluppare il gioco FoldIt venne dai partecipanti al progetto Rosetta@home che postarono sul forum manifestando il loro desiderio di poter guidare il corso degli eventi che portano al ripiegamento proteico.
Rosetta@home è ora quindi direttamente responsabile, o comunque vi è un suo notevole coinvolgimento, di due pubblicazioni sulla rivista Science (una sulla progettazione degli enzimi e una sui nuovi approcci alla determinazione della struttura proteica) e di altre due su Nature (quest'ultima su FoldIt e una, dell'anno scorso, sulla progettazione dell'endonucleasi per la terapia genica). E tutto questo in meno di nove mesi!
Questa forte presenza nell'avanguardia della ricerca scientifica è, io credo, una novità per il calcolo volontario. Inoltre probabilmente darà una forte indicazione sulla necessità di rivalutare il peso del calcolo distribuito volontario nella spinta verso il superamento degli attuali confini della ricerca scientifica. Grazie per l'incalcolabile contributo che date al nostro sforzo scollettivo! |
Siamo riusciti a dimostrare, utilizzando molteplici metodologie, che il nostro progetto di inibitore dell’influenza si lega strettamente al virus.
Per quelli di voi che hanno qualche nozione di chimica, la costante di legame è pari a 20nM. Con la collaborazione dell’Istituto Scripps stiamo ora cercando di determinare la struttura del complesso formato dal virus e l’inibitore che abbiamo progettato; la tecnica utilizzata è quella della cristallografia a raggi X e serve per capire se il legame avviene come nel modello da noi sviluppato. Il passo seguente, e abbiamo già iniziato, è quello di capire se la nuova proteina sia efficace nel prevenire l’infezione delle cellule da parte del virus. |
Siamo decisamente incantati dal recente aumento della potenza di calcolo di Rosetta@home, e non poteva accadere in un momento più critico di questo!
Dobbiamo infatti fare delle difficili scelte tra i calcoli necessari per le strutture proteiche del CASP e lo sviluppo della nuova generazione di inibitori di agenti patogeni (dopo i recenti successi con l'influenza); i nuovi contributi di potenza di calcolo che ci state dando ci aiutano immensamente. Grazie mille! |
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World Community Grid, lanciata nel 2004 dall'IBM, è un tentativo di creare la più grande rete di calcolo distribuito pubblica del mondo per affrontare progetti di ricerca scientifica a beneficio dell'umanità. Il sito è attualmente tradotto in 5 lingue ma non ancora nella nostra. Da qui l'idea di creare una wiki in italiano, l'unica così completa in rete, per comprendere meglio gli scopi di questo importante progetto.
